Vector Contamination List
At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)
| Sequence ID | Organism | Sequence Type | Contamination Type |
|---|---|---|---|
| 255779322 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779323 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779324 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779325 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779326 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779327 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779328 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779329 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779331 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779332 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 255779334 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678623 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678629 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678630 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678631 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678634 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678637 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678638 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678640 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678642 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678643 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678646 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678647 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678648 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678649 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678650 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678651 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678652 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678654 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678656 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678658 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678660 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678662 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678664 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678666 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678668 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678670 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678674 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678675 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678677 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678678 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678680 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678682 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678685 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678687 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678689 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678691 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678694 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678695 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678698 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678700 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678702 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678704 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678706 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678708 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678709 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678710 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678711 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678712 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678713 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678714 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678715 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678716 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678717 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678721 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678723 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678724 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678726 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678728 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678730 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678731 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678732 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678733 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678736 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678737 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678738 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678739 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678740 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678741 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678742 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678743 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678746 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678748 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678749 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678750 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678751 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678752 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678753 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678754 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678755 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678760 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678761 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678763 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678764 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678766 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678767 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678771 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678772 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678773 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |
| 260678775 | Caryocar_brasiliense | EST | Vector |