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EST Assemblies (PUTs)

Vector Contamination List

At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)

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Sequence ID	Organism	Sequence Type	Contamination Type
220899961	Camellia_sinensis_var__sinensis	EST	Vector
220899962	Camellia_sinensis_var__sinensis	EST	Vector
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