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EST Assemblies (PUTs)

Vector Contamination List

At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)

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Sequence ID	Organism	Sequence Type	Contamination Type
283049723	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049726	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049729	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049744	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049748	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049770	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049771	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049807	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049837	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049843	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283049900	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580289	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580318	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580365	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580385	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580386	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580601	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580602	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580387	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580388	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580389	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580390	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580391	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580392	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580394	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580395	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580396	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580397	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580398	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580399	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580400	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
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283580438	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
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283580450	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
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283580452	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580453	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580454	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
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283580469	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
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283580477	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580478	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580479	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580480	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580482	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580484	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector
283580487	Camellia_sinensis_var__assamica	EST	Vector

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