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EST Assemblies (PUTs)

Vector Contamination List

At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)

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Sequence ID	Organism	Sequence Type	Contamination Type
53813426	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53813766	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53813947	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53814615	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53819140	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53820322	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53820501	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53822079	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53822825	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53823151	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
53827466	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854654	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854655	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854656	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854657	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854658	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854659	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854660	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854661	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854662	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854663	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854664	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854665	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854666	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854667	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854668	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854669	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854670	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854671	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854672	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854673	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854674	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854675	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854676	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854677	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854678	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854679	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854680	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854681	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854682	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854683	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854684	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854685	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854686	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854687	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854688	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854689	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854690	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854691	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854692	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854693	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854694	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854695	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854696	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854697	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854698	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854699	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854700	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854701	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854702	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854703	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854704	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854705	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854706	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854707	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854708	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854709	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854710	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854711	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854712	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854713	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854714	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854715	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854716	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854717	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854718	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854719	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854720	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854721	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854722	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854723	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854724	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854725	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854726	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854727	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854728	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854729	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854730	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854731	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854732	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854733	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854734	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854735	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854736	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854737	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854738	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854739	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854740	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854741	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector
254854742	Bruguiera_gymnorhiza	EST	Vector

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