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EST Assemblies (PUTs)

Vector Contamination List

At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)

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Sequence ID	Organism	Sequence Type	Contamination Type
3413991	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414012	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414014	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414025	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414157	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414160	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414163	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414177	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414226	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414272	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414284	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414287	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414323	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414327	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414329	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414333	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414336	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414355	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414390	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414399	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414421	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414440	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414450	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414458	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414460	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
3414483	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
5056179	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
5724929	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789344	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789430	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789527	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789581	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789647	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789660	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789818	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789820	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156789836	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156790104	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156790150	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156790291	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156790420	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156790854	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156796681	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156797233	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156797764	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156798473	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156799428	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156800231	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156800367	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156802049	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156802480	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156804046	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156805853	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156807753	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156807989	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156808996	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156809511	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156824302	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829057	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829064	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829070	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829071	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829081	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829095	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829099	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829106	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829109	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156829117	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156851711	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156853746	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156874882	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156878024	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156881718	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156881766	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156881890	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156881993	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
20374020	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
20374065	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
20374082	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
20374938	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
20375034	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
179828466	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
179829334	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
179828784	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
179829112	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
53849690	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
53849712	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
53849723	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
53849728	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
53849734	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
54417842	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
54418176	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
54418934	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
54419376	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
54421614	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156940380	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156940467	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156940475	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156940536	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector
156940755	Brassica_rapa_subsp__pekinensis	EST	Vector

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