PlantGDB

Home

EST Assemblies (PUTs)

Vector Contamination List

At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)

Skip to page: 1 2 3

Sequence ID	Organism	Sequence Type	Contamination Type
75973560	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
112357395	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025227	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025404	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025428	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025467	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025694	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025726	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025729	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025827	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122025875	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026010	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026116	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026118	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026188	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026227	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026297	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026304	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026418	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122026726	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122027029	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122027148	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122027244	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122027386	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122027798	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122027979	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122028078	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122028601	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122028679	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122028950	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122029543	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122029766	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122030676	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122030688	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122030693	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122030696	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122031038	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122031361	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122031391	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122031472	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122032143	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122032237	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122032491	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122032623	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122032638	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122032989	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122033105	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122033175	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122033462	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122033563	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122033636	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122034042	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122034183	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122034432	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122034564	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122034747	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122034905	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035068	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035184	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035282	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035374	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035538	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035643	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035653	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035681	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035847	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122035916	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036119	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036120	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036227	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036237	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036239	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036307	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036327	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036390	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036768	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122036938	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037086	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037094	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037142	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037146	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037242	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037276	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037493	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037554	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037592	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037615	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037666	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037672	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037721	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037779	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037866	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037886	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037890	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037896	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037899	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037945	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122037992	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122038032	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector
122038133	Brassica_oleracea_var__alboglabra	EST	Vector

PlantGDB

EST Assemblies (PUTs)

Related Links

Vector Contamination List

Loading Help Page...Thanks for your patience!

Loading Video...Thanks for your patience!

Loading Image...Thanks for your patience!