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EST Assemblies (PUTs)

Vector Contamination List

At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)

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Sequence ID	Organism	Sequence Type	Contamination Type
308625965	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308714608	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724301	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308655378	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308653559	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308627591	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308675802	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308624562	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308723736	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308671118	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308624689	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308624703	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724448	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724451	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308624752	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308703118	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724475	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308705048	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308705057	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308651908	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308705103	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308705142	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308712492	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308712573	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308653644	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308709272	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308716219	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308653815	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308717246	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308703201	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308703233	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308624994	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308704073	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308679646	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308634943	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308703549	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308703550	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308703587	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308678025	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308656526	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308656020	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308656043	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308710288	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724353	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308678110	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308635798	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308703755	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308669717	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308705666	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308713978	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308678819	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308678192	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308674168	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308651248	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308710403	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308704374	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308678850	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724044	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308654691	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308710873	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308705763	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308627079	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308634117	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308674282	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308704466	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308635202	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308724220	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308717674	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308710906	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308723223	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308723224	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308636139	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308711130	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308623205	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308672673	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308650665	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308706010	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308705503	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
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308636996	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308718521	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308678499	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308638614	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308711351	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector
308654967	Brassica_oleracea_var__acephala	EST	Vector

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