Vector Contamination List
At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)
| Sequence ID | Organism | Sequence Type | Contamination Type |
|---|---|---|---|
| 240347742 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240345959 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240347307 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240347308 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240338530 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240340749 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240352535 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240357971 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240357994 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240358514 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240358676 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240351909 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240354877 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240350689 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240357246 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240357512 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240357621 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240354004 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240371895 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240372412 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240372499 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240361640 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240361641 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240364020 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240364026 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240369068 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240370775 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240371231 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240371247 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240364653 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240364836 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240364875 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240365109 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240365144 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240365145 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240371639 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240361756 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240365902 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240367344 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240367414 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240367948 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240368138 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240368550 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240359050 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240360610 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240360621 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240375304 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240375679 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240374613 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240377357 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290211 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290364 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290429 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290556 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240286655 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287130 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287201 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287378 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287458 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290112 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240292810 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240292880 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293463 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293499 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293536 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293690 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287525 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287587 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240287801 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240288271 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290817 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290867 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240290969 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240291068 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240291179 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240291249 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240291371 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240291404 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240292737 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293704 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293723 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240293974 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240294155 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240298820 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240298881 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240298905 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240298944 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299346 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299360 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299418 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299488 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299573 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299639 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299640 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240299687 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240302763 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240302829 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240302851 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240302883 | Avena_barbata | EST | Vector |
| 240302905 | Avena_barbata | EST | Vector |