Vector Contamination List
At PlantGDB, efforts are undertaken to identify and remove all contaminant DNA so that a clean dataset is made available to researchers. Here, we use the Vmatch program (with options -l 50 -identity 90) to screen EST sequences against UniVec for vector contaminations as well as against E. coli genomes for bacterial sequences contaminations. The table lists the individual contaminated sequence. (Return to Vector Contamination menu)
| Sequence ID | Organism | Sequence Type | Contamination Type |
|---|---|---|---|
| 82766708 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766717 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766736 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766753 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766755 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766789 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766795 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766886 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766923 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766933 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766934 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766968 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766989 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766994 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82766997 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767028 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767072 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767106 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767124 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767125 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767161 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767169 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767174 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767182 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767186 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767199 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767212 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767220 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767249 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767273 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767289 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767307 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767327 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767346 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767354 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767364 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767380 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767388 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767397 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767449 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767534 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767540 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767549 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767572 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767573 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767584 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767590 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767592 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767593 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767622 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767632 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767638 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767647 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767651 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767652 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767654 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767667 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767672 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767678 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767691 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767705 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767711 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767714 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767768 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767841 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767843 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767846 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767855 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767879 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767888 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767889 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767897 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767904 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767911 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767941 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767949 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767954 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767972 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767987 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767992 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82767993 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768001 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768009 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768029 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768055 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768073 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768085 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768095 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768120 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768133 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768137 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768143 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768150 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768167 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768181 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768209 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768225 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768228 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768230 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |
| 82768236 | Agrostis_stolonifera | EST | Vector |